Поскольку присутствие студентов из нефтедобывающих регионов страны было залогом стабильности вуза, необходима была постоянная целенаправленная работа по подготовке абитуриентов, которые бы отвечали требованиям, соответствующим специфике вуза. Поэтому в 1996 г. был открыт факультет довузовской подготовки (ФДП), быстро ставший рентабельной структурой вуза. Его возглавил М. А. Хусаинов. Одной из важнейших задач факультета стало создание учебных центров в тех регионах России, где находятся предприятия нефтегазового комплекса.

Уже через два года после создания ФДП в десять раз увеличилось количество поступающих в вуз из других регионов страны. Так, в 1998 г. на дневную форму обучения поступили 517 таких студентов, из них 112 — на бюджетной основе, 132 — по индивидуальным договорам, 273 — по контракту. Ежегодно росло количество обучающихся на подготовительных курсах. ФДП работал в условиях жесткой конкуренции: на этом рынке за абитуриентов боролись межвузовское подготовительное отделение Санкт-Петербурга, включавшее 39 вузов, Томская ассоциация вузов и Тюменский  нефтегазовый университет. Тем не менее, ФДП  УГНТУ наращивал объемы и внедрял новые обучающие технологии, расширяя и совершенствуя свою деятельность. К 2002 г. функционировали 25 отделений ФДП в Башкортостане и 21 отделение за его пределами. Вместе со слушателями уфимских подготовительных курсов число обучающихся в системе ФДП перевалило за 2500 человек. Количество поступивших в УГНТУ выпускников курсов, как уфимских, так и региональных, превысило 50 процентов. В 2003 году Министерством образования РФ было выделено 70 бюджетных мест с целью организации в УГНТУ подготовительного отделения. Фактически был возрожден рабфак, прекративший свое существование в 1993 г.