Рынок открыл возможность продавать образовательные услуги. Кроме бюджетного обучения стало проводиться контрактное обучение и индивидуальное обучение по договорам с предприятиями. Изначально университет делал ставку не на родителей, стремящихся дать своему ребенку престижное образование, а на предприятие, которое нуждается в специалисте, подготовленном «штучно», по конкретной программе.
Традиционные партнерские отношения с нефтегазодобывающими предприятиями постепенно обретали новые черты, выливаясь в долгосрочные двухсторонние договоры по многоуровневой подготовке специалистов. Деловые связи девяностых отличала их ориентированность на Север и Восток страны, где определялось дальнейшее развитие российской экономики. Сотрудничество велось с промышленными предприятиями Ноябрьска, Надыма, Уренгоя, Ямбурга. Эта интеграционная политика дала средства на формирование внебюджетного фонда, который использовался для погашения текущих хозяйственных расходов, дополнительной зарплаты, содержания социальной сферы.
Тесно сотрудничали с предприятиями кафедры бурения и кафедра разработки и эксплуатации нефтегазовых месторождений. У кафедры транспорта и хранения нефти и газа существовали давние деловые связи с объединением «Пермьтрансгаз» и г. Чайковским Пермской области. Масштабным проектом стало сотрудничество УГНТУ и объединения «Роснефть–Сахалинморнефтегаз». Университет и Южно-Сахалинское СМНГ «Роснефть» подписали документы о создании учебно-консультационного пункта при ЮжноСахалинском государственном педагогическом институте на базе математического факультета для подготовки студентов I–II курсов УГНТУ. Только в 1997 г. было принято около 40 контрактников на семь специальностей. Всего же по заказам «Сахалинморнефтегаза» на бюджетную и контрактную формы обучения к тому времени были приняты более ста сахалинцев. Объединение «Роснефть–Сахалинморнефтегаз» предоставляло студентам места для практики с оплатой проезда, оказывало вузу спонсорскую помощь. Работники объединения повышали квалификацию в УГНТУ по заочной форме обучения, а сотрудники сахалинского НИПИ «Морнефть» становились соискателями и защищали в УГНТУ кандидатские диссертации. Благодаря разветвленным связям с основными российскими компаниями ТЭК заметно выросла федеральная составляющая, которая к 1997 году достигла двадцати пяти процентов от плана приема.
Стремясь расширить географию своих деловых связей, УГНТУ не забывал и о республиканских предприятиях. В 1994–95 гг. вуз ведет работу по созданию регионального образовательного нефтегазового и нефтехимического комплекса, усиливая роль филиалов в городах Башкортостана.
Ориентация на пожелания заказчика, потребителя требовала новых подходов к подготовке специалистов. Инновации в методике обучения, направленные на формирование практических навыков, на четкое отслеживание качества знаний, получают все более широкое распространение. На кафедре ХНКМАХП продолжается эксперимент: она впервые в истории получила разрешение на подготовку бакалавров по направлению «Технологические машины и оборудование». В перспективе из бакалавров одного и того же направления можно подготовить целый спектр выпускников в зависимости от потребностей рынка труда. Кафедра бурения в 1994–1998 гг. тесно сотрудничала с учебно-курсовым комбинатом объединения «Башнефть», предоставляя студентам возможность получить рабочую специальность. Благодаря такой квалификации студент мог пройти практику на рабочем месте, кроме того, уменьшился срок адаптации выпускника на предприятии. На кафедре нефтехимии и химической технологии осваивалась рейтинговая система оценки знаний, способствующая формированию банка данных об уровне знаний конкретного студента в развитии.
Целенаправленная работа по укреплению связей с предприятиями сыграла важную роль в обеспечении студентов производственной и преддипломной практикой. Если к середине девяностых годов прежняя система организации практики была разрушена, то к двухтысячному большинство студентов уже имели возможность закреплять свои теоретические знания на производстве. Так, в 2002 г. на практику командировано 5235 человек. Около 70 процентов студентов всех специальностей прошли практику благодаря договорам, заключенным с предприятиями АК «Транснефть», ОАО «Газпром», АНК «ЛУКОЙЛ », АК «Транснефтепродукт».
Заметно укрепилась материальная база учебного процесса. Со стапелей Саратовского судостроительного завода сошло судно «Девон», перестроенное по специальному заказу УГНТУ. Оно оснащено спутниковым навигатором, радаром, эхолотом и предназначено для прохождения практики геологов и геофизиков. В 2002 г. благодаря спонсорской помощи ОАО НК «Роснефть» на ГНФ были созданы учебно-тренажерные классы, оборудованные тренажерами-имитаторами бурения и капитального ремонта скважин. Комплексы пунктов и постов управления, идентичных настоящим, позволяют вживую отрабатывать конкретные действия. Преподаватель сам может выбрать конкретные условия, ввести соответствующие параметры и смоделировать сложные ситуации. Благодаря внедрению в учебный процесс новых тренажеров студенты стали приобретать важные практические навыки уже со студенческой скамьи.
В университете большое внимание уделялось созданию информационно-образовательной среды, тесно связанной с региональным, отраслевым, национальным и глобальным информационными пространствами. В 1994 г. было принято решение о создании корпоративной компьютерной сети, а в мае 1995 года к серверу ЛВС уже были подключены 15 рабочих станций. В 1997 г. обеспечен доступ к Интернету всем пользователям ЛВС.
Новый конференц-зал, оборудованный спутниковой связью, вскоре получил известность по всей республике: здесь можно было проводить научные встречи на мировом уровне, общаясь с участниками с помощью телемоста. Становятся регулярными Дни компаний, когда студенты и работодатели могут познакомиться друг с другом поближе — на презентациях, во время проведения специальных тренингов и собеседований. В 2002 г. в университете при поддержке компании «ЮКОС» открыт студенческий корпоративный клуб «Новая цивилизация».
27 сентября 2002 г. состоялась встреча президента ОАО АК «Транснефть» С. М. Вайнштока со студентами-стипендиатами компании. С 20 по 22 марта 2003 г. в университете проводились «Дни НК ОАО “ЛУКОЙЛ ”». Вицепрезидент ОАО «ЛУКОЙЛ » А. А. Барков открыл лабораторию центра управления сетевыми ресурсами, которая была оснащена на средства компании. Шестерым студентам вручили свидетельства о назначении стипендии «ЛУКОЙЛ ». Было подписано соглашение о сотрудничестве между НК ОАО «ЛУКОЙЛ » и УГНТУ. 6 марта 2003 г. в университете побывали представители компании «Эксон Мобил», осуществляющей проект «Сахалин–1». Они посетили ГНФ и ФТТ, провели собеседование со студентами старших курсов, выразившими желание работать на Сахалине.
Опыт успешной адаптации университета в новых экономических отношениях получает признание на министерском уровне. Именно поэтому УГНТУ был избран базой для проведения совещания руководителей органов управления образованием и ректоров вузов Приволжского округа, на котором были представлены делегаты 13 субъектов Федерации. 28 марта 2002 года его участники обсудили вопросы модернизации образования. Совещание признало необходимым в связи с переходом к государственному заказу на подготовку специалистов с высшим образованием разработать оптимальные региональные модели и обеспечить постоянный мониторинг текущих и перспективных потребностей рынка труда. Министр образования Российской Федерации Владимир Михайлович Филиппов, участвовавший в совещании, познакомился с работой вуза. «Я увидел высокую культуру организации учебного процесса», — этими словами министр оценил свои впечатления от экскурсии по УГНТУ
