18 ноября губкинцев встречали в Уфе директор Михаил Михайлович Чарыгин и исполняющий обязанности его заместителя профессор Леонид Васильевич Пустовалов. Сказали, что студентов расселят по баракам, просторным и отапливаемым, а профессорско-преподавательский состав разместят в шлакоблочных двухэтажных домиках, по 3–4 человека в комнате. Так и произошло. Семейным выделили отдельное жилье. Например, заведующий кафедрой технологии металлов Евсей Маркович Кузмак с женой жили в комнате по соседству с той, где устроились втроем ассистенты Татьяна Александровна Лапинская, Евдокия Павловна Разумовская и Надежда Петровна Пажитнова. На окраине Черниковска появился таким образом жилой поселок Авиамоторный, обитатели которого буквально на следующий день уже были в институте на своих рабочих местах.
Еще 10 ноября 1941 года СНК БАССР принял постановление о предоставлении Московскому нефтяному вузу помещений, а 12 ноября эти площади в Соцгороде были приняты по акту представителями МНИ имени академика И. М. Губкина. К тому времени уже были назначены: заведующим хозяйством института — В. П. Топчиев, помощником директора по административно-хозяйственной части — И. Е . Сметанюк, начальником отдела снабжения — М. И. Лившиц.
В распоряжении института оказались два пустых двухэтажных корпуса площадью 400 кв. м. За одну неделю были организованы 11 малых аудиторий, каждая из которых вмещала по 20-22 студента, и две большие, где могли заниматься по 60-65 человек. Было несколько комнат, куда могло войти не более 10 студентов. Этих площадей, конечно, не хватало, и составление расписания занятий превращалось в настоящую головоломку. Если к этому добавить отсутствие действующих лабораторий и нехватку мебели, то можно понять, в каких архисложных условиях начался 20 ноября 1941 года учебный процесс.
Т. А. Лапинская вспоминала, что кроме школьной мебели, полученной при помощи отдела народного образования Сталинского (ныне Орджоникидзевского) района, огромную поддержку в ее приобретении оказало местное ремесленное училище: ребята сделали скамейки и столы, из фанеры соорудили доски и выкрасили их черной краской.
Однако главная «нехватка» была из тех, которые восстановить почти невозможно. По свидетельству вышеупомянутых авторов книги о пребывании в Уфе МНИ имени академика И. М. Губкина, летом 1941 г., до эвакуации, профессорско-преподавательский коллектив института насчитывал 117 человек, а в Уфе оказалось всего 48. Это был естественный отсев, связанный с мобилизацией, с отъездами, увольнениями, но он был, и даже приглашение на работу по совместительству местных специалистов (например, профессора-физика из мединститута С. А. Арцыбашева) не смогло исправить ситуацию. На 15-ти кафедрах из 26-ти были назначены новые заведующие, большинство которых — доценты, но в руководителях были даже старшие преподаватели и ассистенты. Работали, однако, все очень ответственно, так что составление переходных учебных планов и расписания, перераспределение студентов по группам, укомплектование кафедр прошло вполне успешно.
Как отмечал впоследствии профессор Л. В. Пустовалов, «в первом семестре 1941–42 учебного года была проделана колоссальная работа по воссозданию института на новом месте, что почти равносильно созданию нового вуза, притом в сложных условиях военного времени. Работа эта проходила при резком недостатке преподавателей, при отсутствии каких бы то ни было своих транспортных средств, требовавшихся при перевозке мебели, оборудования, книг в новые помещения и т. д. Буквально всё пришлось создавать и сколачивать заново».
Конечно, несмотря на глубокий тыл, которым была Башкирия, не знавшая ни бомбежек, ни затемнений, несмотря на постоянную помощь со стороны руководства БАССР, тяжелые условия войны давали о себе знать постоянно. Та же профессор Лапинская вспоминала, как однажды попала в комнату, где жил исполняющий обязанности заведующего кафедрой химии Михаил Петрович Корсаков с женой Татьяной Владимировной, оба немолодые люди. Потолок протекал, и над постелью стоял раскрытый зонтик, а дырки в стене она сама помогла им заделать замазкой. При этом Татьяна Владимировна сохранила богатые коллекции, необходимые как для обучения, так и для музея.
Еще один эпизод, рассказанный Татьяной Александровной Лапинской, позволяет понять, насколько ценился тогда каждый вновь приобретенный сотрудник. Работавшая в Москве ассистентом Анна Григорьевна Коссовская в Уфе устроилась на завод. Декан геологоразведочного факультета Василий Павлович Флоренский, доцент кафедры петрографии осадочных пород, на которой ассистентом работала Лапинская, пригласил ее вместе съездить к Коссовской — вдруг удастся уговорить ее перейти опять в институт. Они нашли убогий домик, где няня оставалась с маленьким Сашкой, который стоял в кроватке, одетый в шубу и шапку. Дров нет, холодно, как на улице. Они разожгли примус, согрели чайник. А ночью вместе с вернувшейся хозяйкой разломали соседний заброшенный забор, протопили комнату, переночевали и утром забрали всё семейство к себе. Так в институте одним ассистентом стало больше.
Весь этот период размещения на новом месте и запуска учебного процесса был необычайно сложным, но коллектив с ним справился, и тут просто необходима цитата из неоднократно упоминаемой книги Д. Л. Рахманкулова, А. Х . Аглиуллина, Б. У. Имашева: «по сообщению инструктора отдела школ ЦК ВКП(б) Шмырова, МНИ первым из всех эвакуированных втузов восстановил учебный процесс, хотя многие другие вузы были эвакуированы раньше МНИ».
Но этим отнюдь не закончились проблемы, что одна за другой вставали перед эвакуированным институтом. И первая среди них — значительное сокращение количества студентов. Пришлось отменить подготовку по некоторым экономическим специальностям, а промыслово-механический и инженерноэкономический факультеты объединить. Мало того, что численные потери объяснялись военным временем, разбросавшим людей в армию или в эвакуацию, так еще добавлялся отсев по материальным соображениям. Ведь учеба с 40-го года была в старших классах школ и в вузах платная, и не каждая семья выдерживала этот прессинг, особенно в сельской местности, где оплата труда была крайне низка, и отправлять детей в город учиться становилось почти невозможным. В архивных документах тех лет — десятки приказов, предупреждающих студентов МНИ о своевременном внесении платы за обучение, а среди них и те, где перечисляются фамилии уже отчисленных неплательщиков — в приказе от 3 марта 1942 года их 13, а от 20 марта — еще 17.
Между тем Наркомнефть в 1942 году увеличил прием на I курс до 350 человек: специалисты нефтяного профиля были во время войны особенно нужны. Был организован Стерлитамакско-Ишимбайский филиал с тем, чтобы принять в этих городах 100 первокурсников, а в Ишимбае иметь еще и две группы вечерников. Деканом назначили ассистента М. Генкина и утвердили преподавательский состав в количестве 11 человек, что было явно недостаточно, а потому из Уфы регулярно командировались для чтения лекций и проведения занятий профессор С. Владиславлев, доцент Е. Карабаджак, ассистент Д. Перельмитер, начальник военной кафедры Ф. Соловьев и другие.
Особенно тяжело обстояло дело с обеспечением материально-технической части. В Стерлитамаке напрочь отсутствовали необходимые условия для занятий: там не было ни нужного числа аудиторий, ни библиотеки, ни общежития, ни столовой, и в результате отсеялась почти половина студентов. В справке по итогам работы в I семестре 1941–42 учебного года декан филиала М. Генкин просил слить учебные точки в одну — в Ишимбае. Созданная по распоряжению наркома нефтяной промышленности И. Седина комиссия сочла предложение целесообразным.
Летом 1942 г., когда М. Генкин был вызван на работу в Наркомнефть, временно исполняющим обязанности декана филиала стал кандидат наук, доцент А. Соболев. Ему надлежало к концу февраля 43-го года подвести итоги экзаменов за истекший семестр и подготовить филиал к переводу в Уфу, в головной институт. Это было выполнено, и в марте 1943 года из переведенных студентов организовали две академические группы первого курса промыслово-экономического факультета в составе 23 человек. По приказу Наркомнефти и Наркомугля от 12 февраля 1943 года в МНИ были переведены студенты — 31 человек — из Свердловского горного института.
К моменту перебазирования МНИ в Уфу студентов оказалось не более 570. За время пребывания в Башкирии удалось восполнить урон количественного состава, увеличив его примерно на 40 процентов. Но основной задачей оставалось квалифицированное обучение. При всем старании не удавалось преодолеть недоукомплектованность библиотеки, катастрофическую нехватку учебного и демонстрационного оборудования. Зачастую на группу от 10 до 25 человек приходился один учебник. Не хватало писчей бумаги, ручек, чернил, особенно туши. Писать приходилось между строк старых книг.
Первый учебный год фактически проводился без лабораторных занятий, поскольку трест «Уфимнефтезаводстрой» задерживался со сроками исполнения монтажных работ в лабораторных помещениях. Полностью оказались без лабораторной базы, громоздкое оборудование которой осталось в Москве, кафедры эксплуатации нефтяных месторождений, транспорта и хранения нефти, геофизики, промысловой механики, электротехники и т. д. Организация трех специализированных аудиторий — химии и физики геологического факультета и промыслово-механического — задерживалась из-за отсутствия воды, газа, канализации, недостатка электрооборудования. Лабораторный корпус по площади уменьшился в сравнении с московским в 10–12 раз, тем не менее под каждую из десятка лабораторий было отведено примерно 50 квадратных метров для организации 8–12 рабочих мест.
Самым слабым звеном оказалась недостаточная укомплектованность кафедр профессорскопреподавательским персоналом. Например, студенты нескольких групп плохо сдали зачет по теории машин и механизмов, поскольку в течение одного семестра у них сменилось пять (!) преподавателей. Бывало так, что студенты десятками не являлись на экзамены, понимая свою неподготовленность. Но при этом из 147 сдававших в первую сессию 1941–42 года только 9 получили неудовлетворительные оценки. Комиссия Наркомнефти сочла зимнюю сессию проведенной удовлетворительно, приняв во внимание, что 61 человек зачислен на стипендию.
Необеспеченность кадрами профессоров и преподавателей не давала возможности полноценно вести учебный процесс. На конец марта 1942 года число штатных единиц профессоров с 26,5 до эвакуации снизилось до 9, доцентов и старших преподавателей — с 57 до 30,25, ассистентов и преподавателей — с 42,25 до 24,4. Хуже обстояло дело с учебно-вспомогательным персоналом, где число штатных единиц уменьшилось с 66,5 до 19,25. В итоге учебная нагрузка превышала все мыслимые пределы: например, доцент Н. Шацов имел стопроцентную перегрузку, а профессора М. Чарыгин, С. Владиславлев, старший преподаватель А. Тюхтенев, доцент Д. Лозинский, ассистенты Т. Лапинская, Д. Перельмитер — от 40 до 60 процентов, тогда как вопрос с доплатой был весьма неясен. Привлекать местные кадры почти не удавалось из-за нерегулярной работы транспорта между Уфой и Соцгородом, где размещался институт.